Na suđenja za ratne zločine koja su do sada vođena pred sudovima u Crnoj Gori primenjivao se Krivični zakon Savezne Republike Jugoslavije, u kojem su u glavi 16 - krivična dela protiv čovečnosti i međunarodnog prava - bila predviđena krivična dela ratnih zločina.

U pogledu suđenja za zločine počinjene na teritoriji bivše Jugoslavije, na Kosovu se primenjuju odredbe Krivičnog zakona Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije (SFRJ), u kojem su u Glavi 16, Krivična dela protiv čovečnosti i međunarodnog prava, sistematizovana krivična dela ratnih zločina.

Do donošenja Zakona o organizaciji i nadležnosti državih organa u postupku protiv učinilaca ratnih zločina, 1. jula 2003. godine, na suđenja za ratne zločine su se primenjivale samo odredbe Zakonika o krivičnom postupku i Krivičnog zakona SRJ.

Za suđenja u Hrvatskoj povodom ratnih zločina počinjenih od 1991. do 1995. godine značajan je Opšti Kazneni zakon Republike Hrvatske, odnosno Krivični zakon Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije, koji je primenjivan na teritoriji Hrvatske do kraja 1991. godine, a potom je preuzet u hrvatskom pravnom sistemu.

Do kraja 2004. godine suđenja za ratne zločine u Bosni i Hercegovini su vođena isključivo pred kantonalnim sudovima u Federaciji BiH, okružnim sudovima u Republici Srpskoj i pred Sudom Distrikta Brčko. U postupcima po žalbama u ovim predmetima nadležni su vrhovni sudovi entiteta i Apelacioni sud Distrikta Brčko.

Međunarodni kivični tribunal za bivšu Jugoslaviju (MKTJ) osnovan je na osnovu Rezolucije 827 Saveta bezbednosti Ujedinjenih nacija (UN) 25. maja 1993. godine.

U velikom broju slučajeva koji su vezani za teška kršenja ljudskih prava na teritoriji bivše Jugoslavije, zločin je počinjen u jednoj, a počinioci i/ili svedoci nalaze se u drugoj državi. Takođe, u svim državama regiona postoji ustavna zabrana izručenja vlastitih državljana. Navedene činjenice pojačavaju potrebu za saradnjom država u regionu na progonu ratnih zločina i to u svim fazama: počev od pretkrivičnog postupka, pa sve do samog suđenja.

Primena međunarodnih ugovora i običajnih pravila koji se odnose na oblast međunarodnog humanitarnog prava i međunarodnog prava ljudskih prava veoma je značajna za suđenja za ratne zločine u regionu.